Какую дату въезда указать в анкете на визу Д в Словакию , если обучение начинается 4 сентября?

Не позже даты реального въезда - обычно на визе написано, что она с именно этой даты и начитается.

Ориентируйтесь на сроки справок, чтобы на момент въезда было меньше 90 дней.