Если в документе просят указать JMBG писать нужно номер из загранпаспорта?

Если прокатит. Не во всех документах это проходит, плюс учитывайте количество знаков.

Покупал сегодня карточку велопроката в Суботице, тоже спросили JMBG. Сказал что у меня его нет, в итоге оператор просто ввела в форму 111111111.

По-моему, это номер на вклейке боравака.