У меня гражданство РФ и МД а у моей будущей жены только РФ. Подскажите на чьей территории лучше расписаться (РФ или МД) чтобы жена получила гражданство МД быстрее?

"быстрее" не получится, независимо от места регистрации брака. Схема одна: ВНЖ, 3 года, экзамен по языку, гражданство.

Можно расписаться в РФ а в Молдавии пререгистрировать свидетельство о браке ( получить свидетельство о браке молдавского образца). Так как у Вас 2 гражданства. Вы расписываетесь как граждани РФ , а в МД оформите перерегистрацию, единственное что надо будет брать из МФЦ справку о заключении брака + свидетельство о браке РФ а также Ваши все паспорта внутренний, булетин и загран МД и РФ , свидетельство о рождении МД а супруги только паспорт и загран РФ. Но на срок получения гражданства МД это не влияет.