На Шри-Ланке есть ограничения по обмену долларов по годам? 2006 года можно поменять на местную валюту?

Да можно.

Курс вроде меньше со старыми долларами.

Я думаю да, так как вчера в аэропорту докопались до семьи когда оплачивали визу, что на одной Купюре нет какого то штампа а на другой есть и искали среди денег подходящую, но прикола так и не поняли.