Если покупаю билет с Москвы до Стамбула на паспорт РФ а в Стамбуле до Кишинева на паспорт МД,. паспорт МД пустой без печатей только сделала. проблем не будет?

Да билет можно по-идее на любой паспорт купить, хоть третий. Хоть на один, хоть на разные, хоть наоборот из России на молдавский, а из Стамбула на российский, это ни на что не влияет.

Но из Москвы до Стамбула наверно лучше покупать на паспорт РФ, так как российская а/к наверное в теории может придраться, что на документ иностранный куплен билет, но кажется, что вряд ли, они же не знают, что у вас есть РФ гражданство. Но я бы лично для спокойствия покупал на паспорт РФ те билеты, которые из РФ, а тот рейс, что из Стамбула, там кажется уже все равно на какой паспорт билет покупать. А какой паспорт вы будете на границе в Турции давать, тут уж на ваше усмотрение, и тот и другой одинаково хорошо турецкими пограничниками воспринимаются и визы тоже не нужны для обоих случаев.