Если зарегистрировался на рейс онлайн, нужно ли в Бен-Гурионе стоять очередь на стойке регистрации? Или можно сразу на паспортный идти?

Если нет багажа, и есть электронный или распечатанный посадочный, то можно. Всегда так делаю)

Так обычно очередь основная же не на стойку регистрации, а на проверку безопасности. У меня недавно на такую очередь ушел час. А на стойку ушло пару минут.

Если нет багажа, вы идете сразу к посадке. Там где пикают наклейку и вы проходите на досмотр ручной клади. Вам нужна наклейка только - для этого есть очередь там же справа, отдельная очередь провекри безопасности для пассажиров с посадочным.