Друзья, подскажите, кто сталкивался с правилом "Даркон только после 3 месяцев на территории Израиля" ?

Сейчас выезд и заезд по загранпаспорту страны исхода - без проблем.

Не сталкивался. Правило трёх месяцев связано с принципом, что олим может безболезненно в уведомительном порядке отказаться от гражданства в течении трёх месяцев. Где он при этом находится - неважно. Так что в теории никаких проблем возникнуть не должно. Если паспорт нужен раньше пишется отказ от отказа (гарантия, что чел не откажется от гражданства) и тогда МВД может выдать паспорт ранее трёх месяцев.