Можно везти косметику в прозрачных флаконах в багаже самолета? то есть не будет ли вопросов из-за того, что косметика не в своей оригинальное таре?

Нет, в багаже не важно.

Если объёмы флаконов не нарушают правил перевозки авиакомпаний, то вопросов не возникает. Жена недавно прилетала со своей химией как раз, никто ничего не спрашивал.