Можно ли будет находиться гражданину РФ сначала 90 дней по безвизу, а потом 90 дней по визе Д? И сколько времени занимает получение визы Д после подачи заявления?

Ваш вопрос непонятен. Вы имеете в виду въезд без визы, затем выезд и въезд по визе D?(Можно) или Въезд в безвиз по визе D, который Вы хитро хотите раскидать на 90 дней «безвизового» пребывания и затем 90 дней пребывания по визе D?(Нельзя) Время рассмотрения заявления на визу D варьируется от двух недель до двух месяцев (на сегодня, в среднем, 3,5 недели)