Кто летал в Шарм с пересадкой в Каире и не выходил в город, а сразу на транзит, подскажите, надо визу делать и паспортный контроль в Каире или в Шарме?

Нужно делать.

Транзит это когда вы прилетели в международный аэропорт Каира и улетели из него же, например, в Дубай. Вы не пересекли государственную границу и виза вам не нужна. А когда вы прилетаете в Каир и из него вылетаете в Шарм, то это не транзит, а пересадка на внутренний рейс с пересечением границы. И так как вы границу Египта пересекаете за пределами Синайского полуострова (а безвизовый въезд на территорию Египта на 15 дней предусмотрен только на территории Синайского полуострова), то виза вам нужна будет по-любому. Вас просто не пропустят в зону вылета внутренних рейсов без оформления визы и прохождения паспортного контроля. И не важно что у вас между этими рейсами час или два и вы не покидание территорию аэропорта.