А то, что в визе D по blaue karte в ремарках прописана должность и компания - это нормально или у меня что-то пошло не так, как обычно бывает?

Ну да, компания должна быть указана.

Нормально. Первые 2 года привязка к работодателю идет. И к карте Residence permit уже тут в Германии вам выдадут zusatzblatt (доп. лист) где тоже будет компания прописана и должность, а на карточке Residence permit отметка, что к нему есть zusatzblatt.