Если на ступро подал человек, у которого уже кончилась турвиза - это будет основании для отказа в приеме документов? И если так продляют турвизу, то тут продлять то получается нечего?

Не должны (если брак) Ждите очную подачу документов.

Был случай, что пара подала на СТУПРО, когда Турвиза закончилась за 5 дней до подачи. В итоге пришли они в МВД для её продления, показав номер дела. А им говорят, визу не продлим. Выезжайте из Израиля и ждите разрешения по раздельности. Но, у них СП.