Можно ли по прилете в Тай поставить штамп не в паспорт, на который были куплены билеты ( он скоро заканчивается, а хотим студ визу делать)

Тайцам вообще всё равно по какому паспорту Вы прилетаете. На паспортном контроле по прилёту предъявите тот паспорт, который Вам более выгоден в данной ситуации.

Билеты и паспорт - вообще никак не соотносятся. Въехать то можно и по земле, по воде.