У меня сегментный перелет Пегасусом Москва-Стамбул-Тирана, визу не успею сделать, и собираюсь долететь только до Стамбула, дальше не полечу. Могут ли меня в Домодедово не допустить на посадку, в связи с отсутствием албанской визы?

Да, не пустят.

У меня была ситуация похожая , если прерываете полёт то все последующие билеты пропадают, на стоике регистрации говорите что летите только до Стамбула, проблем не будет, Вы пройдёте регистрацию до Стамбула а все остальные билеты если они покупались туда обратно пропадают, но на самолёт вы сядете без проблем.