При вылете из Бен Гуриона по загранпаспорту страны исхода (на руках только зеут биометрия), какая процедура прохождения пограничников? Нужна ли будет выездная виза красная бумажка?

Не нужно ничего. Просто выезжаете и всё.

Сканируете паспорт, скорее всего будет отказ. Идете к окошку в углу, вам дадут красную бумажку. С ней к дядечке у турникета. Он заберёт бумажку и выпустит вас.