Подскажите пожалуйста. Была в турции 3 месяца. В следующий раз я могу поехать в Турцию только через 6 месяцев. Но у меня через турцию транзитный рейс. Станет ли это проблемой?

Зависит, наверное, от того, как именно будет выглядеть транзит. Иногда надо пройти дважды пограничный контроль, чтобы попасть на следующий рейс, иногда нет.

если ваш(и) конкретный(е) билет(ы) подразумевают пересечение турецкой границы для регистрации на второе плечо перелёта, то оно опасносте, а если нет — то нет.