Выпустят ли ребёнка с одним родителем из Израиля в Россию. Летим разными самолетами, с разницей в два часа?

Не вижу причин, чтобы не выпустили. С родителем же. Мы с дочкой летаем вдвоём спокойно.

Выпустят вне зависимости от разницы во времени. Дайте только отцу на всякий случай свидетельство о рождении, особенно если фамилии разные. Если есть согласие, это вообще идеально. Но это чтобы прямо сильно перестраховаться. Все эти документы могут спросить не только при вылете из Израиля, но и при влёте в ту страну, куда Вы направляетесь.