Подскажите, пожалуйста, есть ли смысл подаваться на ВНЖ в Молдове, если проживаешь не здесь? Продлят ли его потом или нужно обязательно проживать на территории РМ?

Ну, есть смысл подаваться на внж, если вы хотите тут проживать легально. Или если хотите после подаваться на гражданство. Но на гражданство нужно будет сдавать экзамены по языку и конституции. И, скорее всего, проживать какой-то период времени на территории Молдовы нужно. Смотря какая у вас конечная цель, отсюда и отталкиваться, есть смысл или нет.