Подскажите, если я лечу по маршруту Спб-Кишинев через Стамбул, загран.

Здравствуйте. я в такой ситуации в РФ показывают русский паспорт, везде в других местах молдавский.

Если Вы предъявите Российский паспорт в Стамбуле на въезде и выезде, ничего не изменится. В молдавском меньше страниц, можете в нём сэкономить место.

Я летал так, в России по российскому выехал, въехал в Турцию по молдавскому, обратно - таким же образом в обратной последовательности.