Можно ли выезжать в страну исхода на полгода с визой алеф 5? Если потом снова вернуться на полгода, отсчет брака пойдет с нуля или с момента, когда выехали из страны?

Просто будете ещё год ждать гражданства и всё.

С того момента, как супруг еврей репатриировался, срок брака уже значение не имеет. Дальше получение статуса для нееврея регламентируется по директиве свежего брака. Она подразумевает центр жизни в Израиле в течение года на визе алеф 5 обоих супругов. Если требования не соблюдены, виза продлевается ещё на год (ответ на ваш вопрос что будет – продлят визу ещё на год)