Если обзавёлся несколькими штампами на бордерранах в пхукете и потом уже на 2 недели, например, на Малайзию или Индонезию уехать, стоит ожидать проблем на паспортном контроле по возвращению в Тай ?

Да, они вероятны.

Но их можно минимизировать, если иметь при себе контракт на жилье, обратный билет и деньги кеш (могут попросить показать). И не бордеранить одним днём - этого не любят. И не лететь через суванапум. Лучше вообще избегать главный аэропорт страны. Словом, соблюдайте несложные правила и проблем не будет.