Если владелец недвижимости в Вене подписывает бумагу, что разрешает мне жить в его квартире, то я по приезде, получается, прописываюсь в этой квартире. Будет ли это как-то влиять на стоимость его коммуналки,налогов?

Коммуналку вы обычно сами платите. Если хозяин квартиры имеет с аренды доход, то естественно, он обязан платить с него налоги.

Коммуналка зависит не от количества жителей, а от размера квартиры, так что нет. Налоги: есть всякие льготы которые рассчитывают на домохозяйство (квартира). Если у вас будет доход, то он будет считаться для этих льгот.