Если летишь в точку назначения - Лисбон через другую страну, какой шенген нужно делать? Португальский или промежуточной страны?

Той страны где будете находится.

Но когда вы прилетите в Афины вам поставят там штамп и будет выглядеть как будто вы были только в Афинах. Я не знаю как это может повлиять на следующее получение визы этой страны.