2 месяца жили в одной квартире, прописали нас на 6 месяцев. Потом переехали в другую квартиру. Можно ли аннулировать ту прописку и оформить в другой квартире? Нынешняя хозяйка сказала что не аннулируют, просто по истечению срока.

Ничего аннулировать не надо когда вы регитесь по новому адресу все делается автоматом.

У меня месяц-полтора оставались регистрации, спокойно перерегистрировали в новой другой квартире.

Важнее здесь не аннулировать прежнюю регистрацию, а иметь регистрацию там, где вы реально проживаете. Возможно, нынешняя хозяйка не хочет оформлять договор аренды, регистрировать его в налоговой и, соответственно, платить налог? Для вас и для неё это чревато штрафами.