Подскажите пожалуйста, если я прилетел в Баку по одному паспорту и тут работаю , могу ли я улететь в Москву по заграну РФ, могул ли с этим быть проблемы?

Влетать и улетать нужно по одному паспорту. Неважно, какой он у вас. Сами подумайте, вылетели, к примеру, по-российскому, а улетаете по Азербайджанскому… Отметка о вылете стоит ведь.