Пришла ссылка на электронную анкету для репатриации в Израиль, а загран на новорожденного еще не готов. Ждать или на кп донести, чтобы было без проблем?

Можно анкету заполнить и отправить, а потом по электронной почте их уведомить о загранпаспорте новорожденного.

Я бы не стала ждать. Если их не устроят отправленные документы, они должны позвонить. Но лучше, конечно, в сопроводительном письме написать об этом.