Если лететь в Сингапур с Бали и взять обратный билет, транзитом через кл, то есть Сингапур- Кл- Бали. Как сильно они могут на это обратить внимание или это допустимо?

Сделаете разные бронирования, Бали-Сингапур, Сингапур-КЛ и КЛ-Бали, тогда не должно быть вопросов В Сингапуре смотрят только чтобы билет был в третью страну и не позднее 96 часов, если вы транзитом.

Ок.