Если при въезде в РФ на паспортном контроле, спросили о другом гражданстве (МД) и был предъявлен и отсканирован паспорт, это не служит уведомлением о двойном гражданстве?

Думаете за вас пограничник уведомил по форме отдел внутренней миграции по вашему месту жительства? Уведомление это процедура, прописанная в законе и сделать ее должны вы лично.