При перелете в Молдову, если паспорт РФ и МД, на стойке регистрации в РФ какой паспорт нужно показать? А в Ереване?

Выезжать из РФ по паспорту РФ , а дальше уже можно по МД . Если у вас транзитный рейс в ереване вы ничего не показываете , там проходите через транзитную зону.

В России показываете российский, Дальше РМ.