Подскажите, пожалуйста, если человека с шенгенской визой С не впустили в Литву и этот человек потом смог въехать в Латвию, не возникнет ли у него проблем, когда он будет выезжать из ЕС через Литву?

Не возникнет, если попал в шенгенскую зону легально.

А визу не аннулировали? Писали в разных изданиях, что тем, кого не впустили, аннулируют визы. Может не всем и не всегда, конечно, но инфа такая была.