Подскажите, пожалуйста, можете ли порекомендовать приложение для жд в Литве? И может быть кто-то знает оптимальный способ добраться из Вильнюса в Клайпеду?

Автобусом.

Ltglink. Это если жд.

Поезда ходят комфортные. Правда, поезд идет чуть кругом, может, автобусом быстрее получится.

Автобусы ходят из Вильнюса в Клайпеду, а также поезд.