Готовим документы по ЕЕ на загрузку и столкнулись с проблемой, что они очень много весят.

Попробуйте программу pdf24. Там можно играть с настройками качества Изображений dpi, что влияет на размер файлов; сшивать/расшивать файлы. Мне очень помогло при загрузке доков на TRV и EE.

FineReader PDF имеет функцию уменьшения размера файла, но этот инструмент платный. До него я пользовался бесплатной версией PDFsam, но не помню какие там есть опции при сохранении. Онлайн утилиты не рекомендую, потому что вы загружаете личные документы непонятно куда и кому.