Если известен сайт отеля - на нем можно бронировать? Или обязательно через агрегатор типа booking или agoda?

Если без оплаты, по сути бронь должна пройти. На месте оплачиваешь. Если по другому не получается, ну букинге бронь сделай и не парься:) там можно и связаться с руководством.

Если на нем есть функция бронирования то бронируйте.

В идеале договорится с отелем без агрегаторов за кэш.