Правильно понимаю что податься по признанию можно без прописки в Кишиневе? А вот далее когда получаю авиз для получения паспорта нужна будет прописка?

Нет, вам в паспорт МД поставят штамп что вы резидент РФ или чего вы там резидент...

У меня булетин и биометрический никаких пометок нет и прописки тоже, может где-то в базу если только инфу об этом занесли.

После авиза вы сами выбираете путь: или с пропиской в Молдове в булетин потом загран либо сразу загран с отметкой о пмж в другой стране.