Пожалуйста подскажите пожалуйста проеду ли я через границу Литвы из Калининграда с Шенген визой в Австрию самолётом из Вильнюса?

Если у вас муж или ребёнок -- гражданин ЕС, или вы сами дипломат и т. п., то да; а просто визы недостаточно (транзит -- это не основание для въезда).