В Израиль можно вернуться с просроченным дарконом?

До 30 июня разрешили пересекать границу с паспортом по второму гражданству.

Да.

Смотря что вы понимаете под "вернуться в Израиль"... На самолет до ТА вас вряд ли посадят с просроченным паспортом, если вы об этом. А что до въезда, то как гражданина страны могут не впустить в страну?