Подскажите, как из РФ по молдавскому паспорту попасть в Вильнюс, не через Беларусь?

Через Латвию, Эстонию, Финляндию.

Латвия, Литва.

Калининград кпп Чернышевское или через Советск через мост королевы Луизы.

Теоретически можно добраться самолётом до Калининграда, а оттуда уже сухопутно в Литву. Не ездил этим маршрутом, но в интернетах пишут, что ограничений как нет.

Если кроме молдавского, есть паспорт РФ, то поездом до Кяне, а там на электричке 15 мин до Вильнюса.