Что делать, если консульство Германии предлагает оформлять визу по пакету документов ученого исследователя и не по blue-card как я планировал?

Не совсем понятно, что вам нужно и почему предлагают иначе. Опишу в общем: виза Д - это ваша рабочая виза для въезда в Германию, которая потом меняется на внж. На самой визе написаны разные параграфы, смотря по какому вы идете. Потом внж выдается как правило под этот же параграф. Голубая карта это просто другой параграф (18 кажется). Но иногда, если вы приносите все документы на смену параграфа, вам могут пойти навстречу и поменять его (я такие истории слышала). А в чем проблема сразу на ГК подаваться? Там и требования к языку и к зп ниже.