При подсчете 90 дней за границей день вылета и день прилета нужно считать как отсутствие? Т. е. учитывать в эти 90 дней? ВНЖ до года.

Скорее да, сутки пересечения считаются в обе стороны, чтобы обезопасить себя - лучше исходить из того, что эти дни пойдут в отсутствие .

День выезда и день приезда считается, как день присутствия в стране. Не волнуйтесь.