Подскажите как и через что, можно бронировать и летать на Мальдивы самостоятельно?

По резортам не подскажу, по отдыху на локальных островах в основном делают так: жилье смотрят на Букинге, если есть карта зарубежного банка то на Агода можно. Если карты нет, то выбирайте гесты с оплатой на месте. Так же можно на Букинге выбрать гест, найти их контакты, Гугле и списаться напрямую, зачастую более выгодно получается. Авиабилеты тоже в основном на Авиасейлз ищете, либо если есть зарубежная карта можно прямо на сайтах авиакомпаний покупать.

Ну и в первую очередь надо определится с островом, если на локальный хотите. Острова все разные, и приоритеты у всех свои.