Скажите, пожалуйста, если лететь в РФ прямым рейсом из Берлина в Калининград, нужно ли потом сидеть в Калининграде на карантине?

Карантина в России нет, вам как гражданке РФ надо сдать по прилету в Калининград тест и до получения результатов изолироваться. Сыну тест тоже нужен. Результаты тестов загружаете на госуслуги.