Без паспорта можно в Джакарту полететь с Бали?

Если есть местный документ, удостоверяющий личность, либо справка из иммиграционки о том, что паспорт у них + копия паспорта. Иногда просто копии достаточно.

Копия паспорта подойдёт. Или любой другой документ для удостоверения личности.

Для перелетов внутри Индонезии достаточно ксерокопии или фото загранника обычно бывает. Но лучше уточните у авиакомпании.