Подскажите, пожалуйста, при подаче на Шенген паспорт сразу забирают или можно принести, когда решение принято? С македонским ВНЖ пустят через границу из Сербии без паспорта?

Паспорт можно показать при подаче документов и забрать (если попросить консульство его отдать сразу), соответственно потом предоставить паспорт при выдаче визы. В Сербию и другие страны не пустят - македонский ВНЖ внутренний документ и только.