Проверяют ли вакцинацию при влёте в Индонезию ?

Да.

У нас проверяли только в России, здесь же просто улыбаются и говорят welcome.

В первую очередь при вылете.

У меня недавно, когда из Малайзии прилетела - спрашивали вакцину.