Подскажите, если мой сын будет скоро иметь 2 гражданства - РФ и Азербайджана, где он пойдет в армию, в России или в Азербайджане?

И там и там) Военнообязанный он будет и в РФ и в АР) Здесь нет взаимозачета прохождения воинской службы)

От одного откажитесь иначе и там и там верно написали вам.