если на Е визу написал что въедешь через один пункт границы, а в результате получается другой, не страшно?

Вроде как страшно, у самого такой ситуации ещё не было. На выезд без разницы, а вот въезд играет роль.

Если пункт пропуска работает с е визой, то ничего страшного, обычно ставят Если не работает с е визой, то вам ее непоставят.