Кто-нибудь сталкивался с тем что перевод с одного немецкого счета на другой проходит не сразу?

Это нормально.

Перевод всегда длится примерно 1-2 рабочих дня.

Да, обычно на следующий день, но например в шпаркассе если обычная жирокард, если переводишь в пятницу вечером/в сб/в вс - придёт только в понедельник.

Если важно, чтоб деньги сразу приходили на счет, посмотри, есть ли в твоем банке функция Echtzeitüberweisung.