У меня Шенген Эстония. Прививка Джонсон (ставила в Германии в сентябре). Паспорт РФ. Могу ли я напрямую лететь в Баден-Баден? Или нужно через другие страны пробираться? Или основания ещё дополнительные для въезда иметь?

Согласно действующим правилам, с прививкой ЕС можно въезжать в любых целях, даже туризм. Но как и в доковидные времена - на границе могут уточнить и цель визита где остановитесь, и фин гарантии, поэтому доп документы только как и в доковидные времена, формальные нужны.