Подскажите, пожалуйста, если гражданин РФ летит из России в Мале транзитом через Дубай, в декларации путешественника для QR кода в пункте "Страна откуда вылетаете" должно быть прописано "Объединенные Арабские Эмираты " или "Российская Федерация"?

Вообще без разницы. Указывают и так, и так. Пограничникам не важно. Лично я страну транзита писал, ибо рейс из страны транзита, а не РФ, а в декларации вы указываете именно номер прибывающего рейса.

Там если дословно читать, то страна изначального вылета, т. е. РФ. А вот рейс ставить, который непосредственно в Мале прилетает.