Если я в е-визе укажу город хошимин (потому что приземляюсь там), а сам буду жить в ханое, мне потом продление по визе тоже в хошимине надо будет делать, или без разницы?

Я думаю, что без разницы, где вы приземлились, потому что пункт прилета не указыватся в документах для продления визы. Но вы должны быть зарегистрированы в том городе, где новую 3хмесячную визу будете делать.